打败四大天王后，先回到家里和老爸对话拿到船票，这是开启后续剧情的钥匙。接着小田卷博士会带你去研究所升级全国图鉴，这样一来就能遇到更多种类的宝可梦啦。记得检查背包里的重要道具，尤其是船票，接下来就要乘船去新的岛屿探索了。
乘船来到新的岛屿后，你会发现很多新任务等着你完成。比如在水静市会遇到米可利，他会让你去找其他冠军的秘密基地。这些冠军分散在各个地方，找到他们并挑战是二周目的重要内容之一。另外别忘了去灯火山，那里不仅有火箭队的残党，还能找到红宝石。拿到红宝石后交给指定NPC，他会给你七岛的船票，这样就能自由往返各个岛屿了。
在探索过程中，你会遇到一些熟悉的角色，比如小茂，不过他这次可能不会和你对战。继续前进到四之岛，在那里可以拿到波克比蛋，前提是你的队伍有空位哦。五岛和六岛的任务比较繁琐，需要解决火箭队仓库的密码问题，记得在六岛的标记森林多转转，那里有稀有的虫系宝可梦。完成这些任务后，别忘了回一岛交还蓝宝石，这样才能解锁后续剧情。
最后来到七岛，这里的训练师塔是检验实力的好地方，里面的对手都很强。如果你之前没抓齐三神鸟，现在正是好时机。闪电鸟在无人发电厂，急冻鸟在双子岛，火焰鸟在冠军之路。全部搞定后，华蓝洞的看守会消失，进去就能遇到超梦，这是二周目的终极挑战之一。
