战船系统是水战玩法的核心要素之一，合理运用战船可以显著提升水上作战的胜率。战船主要通过水寨解锁，玩家需达到八本条件后建造水寨才能启用相关功能。水寨界面包含船只改装、武将操练、船只技术三大模块，其中船只改装可针对行军速度、战斗能力等不同场景进行调整，例如神行改装适合长途行军，强攻改装则适用于据点攻坚。水军适性可通过武将操练提升，非吴国武将也能通过训练达到S级适性，打破吴国水战垄断的格局。
战船的改装策略需结合战场局势灵活切换。神行改装能提升20%水上移动速度，适合中后期大范围调动；坚韧改装可降低水中攻城体力消耗，是器械队的首选；善水改装能弥补非吴国武将的水战属性缺陷，适合前期过渡。战斗型改装如孤军和坚守需满足特定条件触发，孤军要求周围无友军，适合碰瓷队使用，而坚守则依赖驻守状态，适合主力队伍固防。强攻改装能消除敌方连舫效果，专用于攻打水军营地。改装效果需队伍回城才能切换，因此战术预判尤为重要。
船只技术为水战提供多样化战术指令。焚舟技术可对连舫目标造成额外伤害，还原火烧连环船的经典战术；渡江技术赋予部队隐身状态，显形后首回合群体先攻，适合突袭或克制操作；巡航技术允许挂机驻守水军营地，兼具属性提升与自动触敌功能。接舷技术能跳过战平时间，直接决出胜负，适合高防御队伍。掠敌技术可通过战斗获取资源，但后期资源溢出时价值较低。技术选择需结合队伍特性和战场阶段，例如前期优先掠敌，后期侧重接舷或焚舟。
水军适性训练是战船体系的关键补充。武将初始水军适性从C到S级不等，通过消耗操练点可逐步提升属性，C级升至S级共需约9500操练点。操练点通过时间积累或PVP行为自动获取，无需额外资源。高适性武将能额外提升5%属性，低适性则削弱战斗力，因此非吴国阵营需优先训练核心武将。水军营地和渡口是水战的地理枢纽，攻占后需连舫效果扩大控制范围，同时注意敌方焚舟技术的反制。
