前往三岛需要完成特定条件并获取通行道具。首先必须击败关都地区的8个道馆馆主和精英四联，成为宝可梦联盟冠军。随后前往塞莉市镇与大木博士交流完成相关任务，获得前往群岛的资格。需要至塞莉市镇找到大木博士的助手获取行船票，这是乘船前往各岛屿的关键道具。
取得行船票后需返回真新镇，向南行进至塞莉市的海港。海港处停泊着渡轮海狮号，与其对话可选择目的地。选择三岛后游戏会载入新场景，角色将出现在三岛码头。需注意游戏存在阶段限制，只有满足特定剧情条件时海狮号才会开放对应航线。若在正辉邀请环节误选拒绝，需重新加载存档或通过其他NPC对话开启路径。
抵达三岛后可以解锁新区域与挑战内容。岛上分布着特殊训练师和稀有宝可梦，包括火属性宝可梦聚集的火山区域。在完成主线后三岛会提供额外挑战，玩家可与岛上训练师对战强化队伍。部分区域如雷电岛需要特定操作才能进入，岛上迷宫需按照右-下-右-上-下-下-右-左-下-右-上的固定路线行走。
三岛剧情包含多个分支任务，如帮助游戏厅老板寻找女儿的任务线。该任务要求先在二岛游戏厅接取任务，再前往三岛森林深处解救被困女孩。完成任务可获得月之石等奖励，同时解除暴走族对道路的封锁。游戏后期可通过港口重复往返各岛屿，但某些特殊区域如火山洞穴需完成对应解谜才能再次进入。整个三岛探索过程中需注意场景互动细节。如宝贝屋可进行宝可梦交换，岛屿间的通航条件会随剧情推进变化。部分神庙机关需要与石像对话并选择正确选项才能激活，路径开启后还要留意场景中的楼梯走向避免误入歧途。
