神奇糖果无法通过商店直接购买，这是游戏设定的特殊机制。该道具的主要功能是直接提升宝可梦1个等级，对于训练家培养高等级队伍具有重要价值。游戏内获取途径需通过探索隐藏点位或特定方式收集，属于稀缺资源。
神奇糖果的常规获取方式集中在特定地图点位，包括2号道路、3号道路隐藏区域、13号道路、16号道路等野外区域。矢车森林、荒野名胜区的隐藏区域也存在拾取可能，雷文市、对战地铁等特殊地点偶尔会出现。冠军之路和丰饶之社等后期地图区域同样埋藏该道具，需要玩家仔细探索每个角落。
携带拾荒特性的宝可梦是持续获取神奇糖果的有效方法。喵喵等具有该特性的宝可梦，在战斗结束后有10%概率拾取到神奇糖果。需注意已携带道具的宝可梦无法触发此特性，建议让拾荒特性的宝可梦保持道具栏为空。这种方式虽然效率有限，但在长期游戏过程中能稳定补充神奇糖果储备。
高级度假村作为特殊场景，提供包括神奇糖果在内的稀有道具获取渠道。通过完成特定挑战或达成隐藏条件，玩家可在此兑换神奇糖果。该道具在使用时若作用于濒死状态的宝可梦，会同时恢复其HP至满值，这个机制在紧急战斗中具有战术价值。需部分修改器或作弊码虽然能快速获得神奇糖果，但会破坏游戏平衡性体验。正常游戏流程中，建议合理规划神奇糖果的使用时机，优先用于关键宝可梦的等级突破。
