游戏流程始于一场飞机失事，劳拉在秘鲁的洞窟中醒来，需要连按互动键撬开卡住的石头，并沿着唯一路径向上攀爬离开洞穴，序章结束后正式进入冒险。在库阿克雅库区域，玩家需要跟随主线消灭圣三一士兵并获取新武器，同时可以开始进行探索与收集，例如在渔场附近的地面和船尾可以找到探险者背包与求生手册技能点。推进主线会获得关键装备如钩斧，它不仅能用于攀爬，还能在岩壁上进行悬吊、摆荡和滑降，是穿越复杂地形的核心工具。游戏中的许多路径需要利用环境解谜来开辟，例如在早期需要操作矿车撞开障碍，或者使用弓箭射击绳索来放下桥梁。
探索古墓是游戏的核心玩法，这些古墓遍布各个区域，通常需要玩家解开复杂的机关谜题才能进入并获得丰厚奖励。在审判凝视古墓中，玩家需要利用天平与滑车系统，通过调整重物和连接绳索来升起神像前的梯子。而在太阳神庙古墓，谜题围绕四面镜子展开，玩家必须通过多次调整镜子的角度，将阳光依次反射到特定的柱子上，才能降下中央平台并继续前进。部分古墓的谜题设计非常精妙，如死亡之神古墓，需要玩家操纵机关控制风口，利用吹动的大锤摆荡并清除障碍，同时还要注意在强风中关闭风口以保证安全通过。
除了主线古墓，游戏中还有大量的支线古墓挑战，它们通常比主线谜题更具难度，例如法官的凝视、冥界之门、呼啸洞穴等，完成它们能解锁独特的技能和装备。在流程中，劳拉还会进入一些特殊的回忆场景，如克劳馥庄园，这里需要通过操作天文仪、移动雕像和解开光折射谜题来探索劳拉的过去，这些段落以解谜为主，几乎没有战斗。游戏世界非常庞大，散布着文献、壁画、文物、保险箱等多种收集品，它们不仅能补充剧情背景，还能提供资源用于升级技能和装备。玩家在探索时需留意，部分宝箱需要获得开锁器后才能开启，合理的收集顺序可以避免重复跑路。
游戏的主线剧情围绕劳拉阻止玛雅末日预言展开，她必须征服致命的雨林，穿越恐怖的古墓，并面对自己最黑暗的时刻。在流程中会经历诸如生命通道这样的关键解谜关卡，玩家需要转动场景两侧的机关，从打开的线索门中获取密码信息，才能打开中央紧闭的石门继续前进。剧情推进，劳拉将抵达隐秘之城帕依提提，并最终为了拯救世界而奋战。整个流程包含潜行、战斗、奔跑逃生和平台跳跃等多种环节，例如在泥石流逃生段落，玩家需要连续不断地奔跑、跳跃和摆荡，动作必须连贯且时机准确。完成所有主线、支线古墓挑战以及收集内容，即可达成游戏的100%完成度。
