前往宝可梦联盟，首先需要集齐关都地区的八枚道馆徽章。这是进入联盟的必要条件，没有徽章将无法通过冠军之路的守卫。完成所有道馆挑战后，从真新镇出发，向西经过常磐市，再向左进入22号公路。这条路线会再次遇到劲敌小茂，击败他后继续前进，最终抵达冠军之路的入口。
冠军之路是通往宝可梦联盟的最后一道关卡，内部结构复杂且布满训练家。建议提前准备好秘传技能，如居合斩、怪力术、冲浪和闪光，以应对地形障碍和黑暗区域。洞穴内有许多分岔路和推石机关，需耐心探索并合理规划路线。部分区域需要击败拦路的训练家才能继续前进，因此确保队伍状态良好至关重要。
穿过冠军之路后，会抵达石英高原，宝可梦联盟就坐落于此。联盟由四大天王和冠军组成，挑战顺序为冰系天王科拿、格斗系天王希巴、幽灵系天王菊子和龙系天王渡。每位天王的队伍属性鲜明，需针对性调整战术。击败四大天王后，将与现任冠军对决，胜利后即可成为新的联盟冠军。
挑战过程中需注意资源管理，提前准备足够的恢复道具和技能机。联盟内没有中途恢复点，因此建议在进入前将队伍状态调整至最佳。若挑战失败，需从冠军之路重新开始，因此谨慎制定战术尤为重要。完成联盟挑战后，游戏会进入二周目，开启新的冒险内容。可返回关都地区继续探索未完成的支线任务或捕捉稀有宝可梦。宝可梦联盟的挑战是游戏的高潮部分，充分考验训练家的综合能力。
