进入墓土失落方舟需从墓土大厅右侧出发，沿特定路线飞行至码头乘船。首先从遇境进入墓土地图，跳下漩涡后落地，立即朝右侧两根石柱中间的水域方向飞行。视野中会出现黑色旗杆和蘑菇状石柱作为参照物，继续前进可看到水边停泊的小船，靠近后点击出现的坐下图标启动船只。动画结束后抵达隐藏图入口，下船后向前方山坡飞行即可到达失落方舟区域，左下角会显示地图名称确认位置。
失落方舟内部包含六个先祖任务，需按顺序完成。首个任务为寻找红色念之灵，在方舟后方田地或沉船图洞口处可见明显红光，触碰即完成。后续任务需依次前往其他地图收集不同颜色的光之灵：水之灵位于霞谷溜冰场冰面上下浮动；风之灵需从云野入口转身进入后方云层；地之灵在云野右侧隐藏图的浮岛平台等待鲲鸟投放；心之灵需通过禁阁一层的双人门进入隐藏空间；火之灵则出现在雨林栈桥图的荧光菇附近。
前往沉船图需注意与失落方舟区分路线。沉船图入口位于墓土四龙图右侧洞穴，内部有破损船体结构，可能遭遇冥龙巡逻。建议携带好友同行以便被锁定时及时救援，入口处设有返程小船但刷新时间较长。而方舟区域本身无冥龙威胁，仅乘船途中可能经过四龙图等危险区域，若仅为完成任务可快速通过避免纠缠。
完成全部先祖任务后，方舟地图会逐渐恢复生机，解锁魔法商店等功能区域。任务过程中若遇困难，可优先激活方舟内的符文机关以解锁捷径。部分光之灵如地之灵、火之灵需等待刷新时间，建议规划好路线顺序避免重复跑图。
