针对决战九面兽第三关，核心操作是摇晃手机触发彩蛋。首次摇晃会生成三条道路，二次摇晃能震碎冰火格子障碍。随后需将鸣人移动到左侧时空卷轴调整布局，再按特定路线将小樱和鸣人引导至终点触发战斗，最终击败死神角色即可完成挑战。该关卡关键在于把握摇晃时机和角色移动顺序。
忍者之路第三关则采用双次翻转机制。首次翻转手机会引发狂风熄灭火焰道路显现，二次翻转触发地震震碎冰块道路。该设计需要玩家在剧情结束后立即执行物理交互，两次翻转间隔不宜过长。彩蛋触发后继续推进剧情即可通关，过程中无需额外战斗操作。这种解谜类关卡更注重对设备功能的创意运用。
极境修行第三关存在阶段性战斗逻辑。第一阶段需优先击杀空中乌鸦防止召唤援军，第二阶段分区域清除宇智波族人，第三阶段BOSS战需注意本体与幻象的位置互换。高级难度下BOSS会分三种形态作战，须佐能乎形态需绕后输出。携带抓取特性技能的忍者在此关卡效果受限，建议选择迅捷类增益提升走位效率。
使用卡卡西和丁次组合时，需在第二回合先用肉弹战车击杀上排小樱真身，再用卡卡西奥义解决下排鸣人真身。该关卡强调分身识别能力，红色血条为真身的设定需要玩家保持观察专注度。佐助虽在场但不构成主要威胁，可暂缓处理以集中火力消灭关键目标。
