在三国志战略版中击沉旗舰的核心方式为彻底清空旗舰守军兵力，通过针对性阵容搭配、舰船配合与战场牵制，持续压制守军直至完全击溃即可完成击沉，击沉后会给敌方同盟带来持续士气衰减的负面效果，瓦解其水上作战体系。
旗舰仅能执行行军指令，受攻击时无法移动与撤退，守军被击杀后会自动恢复，想要成功击沉必须形成持续压制的进攻节奏，避免单次进攻后给守军留下回血窗口。作战前需优先用侦察部队锁定旗舰坐标，排查周边驻守的护航舰队与楼船，提前清理外围防御力量，切断敌方对旗舰的兵力支援路径，让旗舰处于孤立作战状态，降低攻坚难度。进攻时优先选择水军适性高的武将组建主力攻坚队，搭配具备持续输出与兵力压制能力的战法，保证每轮交战都能稳定削减旗舰守军兵力，避免输出断层导致守军回满血量。
舰船选择上以蒙冲为核心突击单位，借助焚舟状态触发首回合敌军混乱效果，同时利用阵亡触发的火攻伤害持续消耗旗舰守军，搭配楼船远程消耗与辅助控场，形成远近结合的进攻体系。作战时采用多队轮攻战术，主力队负责核心攻坚，斯巴达队伍持续骚扰牵制，让旗舰守军始终处于战斗状态无法恢复兵力，多支部队同步压上形成火力覆盖，逐步蚕食守军血量。风向与水域地形会影响火攻效果与部队移动速度，需选择有利位置发起进攻，最大化输出效率，加快守军清空速度。
击沉旗舰的战术价值不仅在于摧毁敌方核心建筑，更能触发敌方同盟全体士气降低的负面效果，让敌方后续交战处于兵力劣势，大幅提升己方战场胜率。攻坚过程中需留意敌方同盟的回防动向，提前布置拦截部队阻挡支援兵力，保障攻坚队伍的输出环境，一旦守军兵力被完全清空，旗舰即刻被摧毁，完成击沉目标。整场作战需围绕持续压制、切断支援、高效输出三个核心展开，结合水军玩法特性与阵容优势，才能稳定达成击沉旗舰的作战目的。
